糧食的不同就需要選擇不同的種子烘干機。例如，以小麥和水稻為主的糧食產區可以選擇混流式和混合逆流式干燥機。如以玉米為主的產區，可以選擇多段式下游高溫快速干燥機。例如，在以大米為主產區，可以選擇低溫、大中型的正反向、混合和逆流等烘干機。
不同的谷物有不同的干燥過程和不同的干燥溫度。根據干燥期間的谷物數量，也可以選擇不同類型的干燥工藝和干燥器。如果食品品種多、數量少或分散存放，應采用小批量(循環)烘干機或小型移動式。
在選擇時，須考慮當地的能源資源，以實現合理利用，降低成本。如果有燃煤糧食生產區，煤、無煙煤或焦炭是好的熱源，其價格經濟，但燃煤熱風爐一次性投資大。在有油田和天然氣的糧食產區，可以用輕柴油、重油或天然氣和丙烷作為熱風爐燃料。這類燃料的使用成本很高，但一次性在熱風爐上的投資很小。
為了完成干燥操作，種子烘干機需要配備一些輔助設備。連續式的應在儲糧區設置上下料位裝置(或溢流管等)。過程中的臨時儲料倉應配備滿倉料位裝置，電動機應有過載保護裝置，并能實現手動和自動聯鎖控制。
